Para cambiarte a facturación 3.3 es muy fácil, sigue los siguientes pasos:
Ve a Configuración -> Preferencias del sistema
(Como se indica en la imagen)
Vete al apartado "Metodo de Facturación"
Elige "CFDI v3.3"
Notaras que existe un campo llamado "Clave Régimen Fiscal", el cual es obligatorio que introduzcas, para saber cuál es tu clave puedes dar click en el botón de información y asistirte del documento que muestra los distintos tipos de "Claves".
Una vez que registres tu clave y guardes los cambios, verás que el sistema tarda unos segundos en cerrar sesión y te pedirá que inicies de nuevo y ya estás en CFDI 3.3
Así de sencillo. :)
Para ver los cambios puedes dar click en el siguiente enlace: Cambios aplicables en la primera entrega de Facturación Express 3.3